O Ministério Público funciona sob o “regime de unicidade orgânica”, o que representa a existência de um único ministério público na RAEM, sem criação de órgãos hierarquicamente correspondentes às diferentes instâncias dos Tribunais. Face ao funcionamento desta estrutura e para cumprir as atribuições legais do Ministério Público, para além do Serviço de Acção Penal, são criados serviços junto dos tribunais de diferentes instâncias, que são os seguintes: o Serviço do Ministério Público junto do Tribunal de Última Instância, o Serviço do Ministério Público junto do Tribunal de Segunda Instância, o Serviço do Ministério Público junto do Tribunal Judicial de Base e o Serviço do Ministério Público junto do Tribunal Administrativo. Cada um destes serviços dispõe de magistrados, funcionários de justiça e pessoal administrativo.
O Ministério Público dispõe do Gabinete do Procurador, dotado de independência funcional e de autonomia administrativa e financeira, ao qual compete prestar apoio técnico e administrativo ao Procurador, integrando subunidades incumbidas especificamente dos assuntos do Ministério Público.
O Ministério Público integra uma equipa profissional composta pelos seus magistrados, bem como pelo pessoal de direcção, assessores, pessoal de chefia, funcionários de justiça e pessoal administrativo e técnico do Gabinete do Procurador, a qual actua em estreita articulação e sob o princípio da subordinação hierárquica, para o cumprimento das suas atribuições legais.