檢察院實行“一院建制”，即在澳門特區僅設一個檢察院，沒有在對應的各級法院設相應層級的檢察院。因應檢察院的運作模式，為履行檢察院的法定職責，檢察院除設刑事訴訟辦事處外，亦分別在各級法院設立辦事處，包括檢察院駐終審法院辦事處、檢察院駐中級法院辦事處、檢察院駐初級法院辦事處，以及檢察院駐行政法院辦事處，每個辦事處配備相應的司法官、司法輔助人員和行政人員。
檢察院設有具獨立職能、行政及財政自治的檢察長辦公室，負責向檢察長提供技術和行政性質的輔助，在內設立專責處理檢察院事務的下屬部門。
檢察院是一個由檢察院司法官、檢察長辦公室領導、顧問、主管、司法輔助人員、行政及技術人員組成的專業團隊，在等級從屬關係下協同開展工作，以履行法定職責。