Ao abrigo da Lei de Bases da Organização Judiciária, para efeitos de recurso das decisões dos tribunais, “existem em Macau tribunais de primeira instância, o Tribunal de Segunda Instância e o Tribunal de Última Instância. Os tribunais de primeira instância compreendem o Tribunal Judicial de Base e o Tribunal Administrativo” (artigo 10.º). A organização do Tribunal Judicial de Base compreende Juízos Cíveis, Juízos de Instrução Criminal, Juízos de Pequenas Causas Cíveis, Juízos Criminais, Juízos Laborais e Juízos de Família e de Menores. “Os Juízos de Instrução Criminal são competentes para exercer as funções jurisdicionais relativas ao inquérito, proceder à instrução e decidir quanto à pronúncia nos processos de natureza penal” (artigo 29.º).
Com base no disposto nas leis processuais e nas tradições judiciárias, o Ministério Público adoptou por uma estrutura orgânica singular. Os magistrados do Ministério Público de três categorias diferentes, ao serem destacados respectivamente para o Tribunal de Última Instância, o Tribunal de Segunda Instância, o Tribunal Judicial de Base e o Tribunal Administrativo, assumem as atribuições do Ministério Público em sua representação.
Para assegurar o funcionamento do Ministério Público e apoiar os magistrados no exercício das suas funções, o Ministério Público criou os seus serviços, respectivamente, junto do Tribunal de Última Instância, do Tribunal de Segunda Instância, do Tribunal Judicial de Base, do Tribunal Administrativo e dos Juízos de Instrução Criminal do Tribunal Judicial de Base. Cada um destes serviços dispõe de magistrados, oficiais de justiça e quadros administrativos do Ministério Público.