遵循基本法所確立的法律原則，探索一個符合澳門社會實況的司法架構模式，是歷史賦予特別行政區司法機關的責任。為此，澳門檢察院創立了“一院建制、三級派任”的新的司法架構模式。 

“一院建制”，是指在檢察院的機構設置上，不設立對應於三級法院的三級檢察院，而採用單一組織結構，即設立一個檢察院的方式。這種組織形式，不僅符合澳門地域較小、人口不多的特點，也有助於精簡機構及人員，提高檢察院的工作效率。

甚麼叫“三級派任”呢？特區檢察院基本承襲了澳門原有檢察體制中的派任制度，由三個不同級別的檢察官，也稱為檢察院司法官，包括檢察長、助理檢察長、檢察官，分別在澳門的三級法院擔任檢察院的代表，參與司法訴訟。

根據這一模式，檢察院分別設立了以下辦事處：
．在終審法院，設立了駐終審法院辦事處，由檢察長代表檢察院，必要時由助理檢察長協助檢察長工作。
．在中級法院，設立了駐中級法院辦事處，由助理檢察長代表檢察院。
．在第一審法院 ，包括初級法院和行政法院，分別設立了駐初級法院辦事處、駐行政法院辦事處，由檢察官代表檢察院，案情嚴重複雜或涉及重大公共利益時，也可由助理檢察長在第一審法院代表檢察院。
．獨立運作的刑事訴訟辦事處，由檢察官領導刑事偵查、提起刑事訴訟。