根據《澳門特別行政區基本法》及《澳門特別行政區司法組織綱要法》，澳門設有兩個獨立的司法機關，分別是行使審判權的法院和行使檢察權的檢察院。

基本法第九十條第一款明確規定：檢察院獨立行使法律賦予的檢察職能，不受任何干涉。

基本法的這一規定賦予了檢察院更為明確的法律地位，檢察院作為獨立司法機關的鮮明形象因此而樹立，亦改變了檢察院在回歸前仍被視為葡萄牙檢察官公署的下屬機關，以及絕大部份檢察官隸屬葡萄牙編制的狀況。

同時，基本法也規定：澳門特別行政區檢察長由澳門特別行政區永久性居民中的中國公民擔任，由行政長官提名，報中央人民政府任命。檢察官經檢察長提名，由行政長官任命。檢察院的組織、職權和運作由法律規定。

根據行政長官何厚鏵的提名，中央人民政府任命了具有多年司法工作經驗的何超明博士出任澳門特別行政區首任檢察長。行政長官也根據檢察長的提名，委任了澳門特別行政區的首批二十三名檢察官。2004年8月，經檢察長提名，又任命五名人士出任檢察官，至此特區檢察院共有二十九名檢察官。

隨著特區檢察院的順利組建，檢察長及所有檢察官的莊嚴就職，澳門司法體制進入了新的歷史階段。